tide Publications

Kocher, A.; Papac, L.; Barquera Lozano, R. J.; Key, F. M.; Spyrou, M. A.; Hübler, R.; Rohrlach, A. B.; Aron, F.; Stahl, R.; Wissgott, A. et al.; van Bömmel, F.; Pfefferkorn, M.; Mittnik, A.; Villalba-Mouco, V.; Neumann, G.; Rivollat, M.; Loosdrecht, M. S. v. d.; Majander, K.; Tukhbatova, R. I.; Musralina, L.; Ghalichi, A.; Penske, S. E.; Sabin, S.; Michel, M.; Gretzinger, J.; Nelson, E. A.; Ferraz da Silva, T.; Nägele, K.; Parker, C. E.; Keller, M.; Guevara, E.; Feldman, M.; Eisenmann, S.; Skourtanioti, E.; Giffin, K.; Gnecchi Ruscone, G. A.; Friederich, S.; Schimmenti, V.; Khartanovich, V.; Karapetian, M. K.; Chaplygin, M. S.; Kufterin, V. V.; Khokhlov, A. A.; Chizhevsky, A. A.; Stashenkov, D. A.; Kochkina, A. F.; Tejedor-Rodríguez, C.; de Lagrán, Í. G.-M.; Arcusa-Magallón, H.; Garrido-Pena, R.; Royo-Guillén, J. I.; Novácek, J.; Rottier, S.; Kacki, S.; Saintot, S.; Kaverzneva, E.; Belinskiy, A. B.; Velemínský, P.; Limburský, P.; Kostka, M.; Loe, L.; Popescu, E.; Clarke, R.; Lyons, A.; Mortimer, R.; Sajantila, A.; de Armas, Y. C.; Godoy, S. T. H.; Hernández-Zaragoza, D. I.; Pearson, J.; Binder, D.; Lefranc, P.; Kantorovich, A. R.; Maslov, V. E.; Lai, L.; Zoledziewska, M.; Beckett, J. F.; Langová, M.; Danielisová, A.; Ingman, T.; Atiénzar, G. G.; de Ibáñez, M. P. M.; Romero, A.; Sperduti, A.; Beckett, S.; Salter, S. J.; Zilivinskaya, E. D.; Vasilev, D. V.; von Heyking, K.; Burger, R. L.; Salazar, L. C.; Amkreutz, L.; Navruzbekov, M.; Rosenstock, E.; Alonso-Fernández, C.; Slavchev, V.; Kalmykov, A. A.; Atabiev, B. C.; Batieva, E.; Calmet, M. A.; Llamas, B.; Schultz, M.; Krauß, R.; Jiménez-Echevarría, J.; Francken, M.; Shnaider, S.; de Knijff, P.; Altena, E.; de Vijver, K. V.; Fehren-Schmitz, L.; Tung, T. A.; Lösch, S.; Dobrovolskaya, M.; Makarov, N.; Read, C.; Twest, M. V.; Sagona, C.; Ramsl, P. C.; Akar, M.; Yener, K. A.; Ballestero, E. C.; Cucca, F.; Mazzarello, V.; Utrilla, P.; Rademaker, K.; Fernández-Domínguez, E.; Baird, D.; Semal, P.; Márquez-Morfín, L.; Roksandic, M.; Steiner, H.; Salazar-García, D. C.; Shishlina, N.; Erdal, Y. S.; Hallgren, F.; Boyadzhiev, Y.; Boyadzhiev, K.; Küßner, M.; Sayer, D.; Onkamo, P.; Skeates, R.; Rojo-Guerra, M.; Buzhilova, A.; Khussainova, E.; Djansugurova, L. B.; Beisenov, A. Z.; Samashev, Z.; Massy, K.; Mannino, M.; Moiseyev, V.; Mannermaa, K.; Balanovsky, O.; Deguilloux, M.-F.; Reinhold, S.; Hansen, S.; Kitov, E. P.; Dobeš, M.; Ernée, M.; Meller, H.; Alt, K. W.; Prüfer, K.; Warinner, C. G.; Schiffels, S.; Stockhammer, P. W.; Bos, K. I.; Posth, C.; Herbig, A.; Haak, W.; Krause, J.; Kühnert, D.: Ten millennia of hepatitis B virus evolution. Science 374 (6564), abi5658, pp. 182 - 188 (2021)

de Thoisy, B.; Duron, O.; Epelboin, L.; Musset, L.; Quénel, P.; Roche, B.; Binetruy, F.; Briolant, S.; Carvalho, L.; Chavy, A. et al.; Couppié, P.; Demar, M.; Douine, M.; Dusfour, I.; Epelboin, Y.; Flamand, C.; Franc, A.; Ginouvès, M.; Gourbière, S.; Houël, E.; Kocher, A.; Lavergne, A.; Le Turnier, P.; Mathieu, L.; Murienne, J.; Nacher, M.; Pelleau, S.; Prévot, G.; Rousset, D.; Roux, E.; Schaub, R.; Talaga, S.; Thill, P.; Tirera, S.; Guégan, J.-F.: Ecology, evolution, and epidemiology of zoonotic and vector-borne infectious diseases in French Guiana: Transdisciplinarity does matter to tackle new emerging threats. Infection, Genetics and Evolution 93, 104916, pp. 1 - 18 (2021)

Guinat, C.; Vergne, T.; Kocher, A.; Chakraborty, D.; Paul, M. C.; Ducatez, M.; Stadler, T.: What can phylodynamics bring to animal health research? Trends in Ecology and Evolution 36 (9), 2021.04.013, pp. 837 - 847 (2021)

Pečerska, J.; Kühnert, D.; Meehan, C. J.; Coscollá, M.; de Jong; C., B.; Gagneux, S.; Stadler, T.: Quantifying transmission fitness costs of multi-drug resistant tuberculosis. Epidemics 36, 100471, pp. 1 - 9 (2021)

Hoffmann, K.; Bouckaert, R.; Greenhill, S. J.; Kühnert, D.: Bayesian phylogenetic analysis of linguistic data using BEAST. Journal of Language Evolution 6 (2), lzab005, pp. 119 - 135 (2021)

Fischer, M.; Herbst, L.; Galla, M.; Long, Y.; Wicke, K.: Unrooted non-binary tree-based phylogenetic networks. Discrete applied mathematics 294, 2021.01.005, pp. 10 - 30 (2021)

Hufsky, F.; Lamkiewicz, K.; Almeida, A.; Aouacheria, A.; Arighi, C.; Bateman, A.; Baumbach, J.; Beerenwinkel, N.; Brandt, C.; Cacciabue, M. et al.; Chuguransky, S.; Drechsel, O.; Finn, R. D.; Fritz, A.; Fuchs, S.; Hattab, G.; Hauschild, A.-C.; Heider, D.; Hoffmann, M.; Hölzer, M.; Hoops, S.; Kaderali, L.; Kalvari, I.; von Kleist, M.; Kmiecinski, R.; Kühnert, D.; Lasso, G.; Libin, P.; List, M.; Löchel, H. F.; Martin, M. J.; Martin, R.; Matschinske, J.; McHardy, A. C.; Mendes, P.; Mistry, J.; Navratil, V.; Nawrocki, E.; O'Toole, Á. N.; Palacios-Ontiveros, N.; Petrov, A. I.; Rangel-Piñeros, G.; Redaschi, N.; Reimering, S.; Reinert, K.; Reyes, A.; Richardson, L.; Robertson, D. L.; Sadegh, S.; Singer, J. B.; Theys, K.; Upton, C.; Welzel, M.; Williams, L.; Marz, M.: Computational strategies to combat COVID-19: useful tools to accelerate SARS-CoV-2 and Coronavirus research. Briefings in Bioinformatics 22 (2), bbaa232, pp. 642 - 663 (2021)

Smith, M. R.; Trofimova, M.; Weber, A.; Duport, Y.; Kühnert, D.; von Kleist, M.: Rapid incidence estimation from SARS-CoV-2 genomes reveals decreased case detection in Europe during summer 2020. Nature Communications 12 (1), 6009 (2021)

Severinov, D.; Yi, B.; Dalpke, A.; Rost, F.; Winkler, S.; Beil, J.; Reinhardt, S.; Klemroth, S.; Mehnert, G.; Hartkopf, F. et al.; Hölzer, M.; Kühnert, D.; German COVID-19 OMICS Initiative (DeCOI); Poetsch, A.: Potential novel SARS-CoV-2 variant of interest from lineage AP.1 with N501Y and additional spike mutations identified in Saxony, Germany, Virological, (2021)

Fischer, M.; Herbst, L.; Kersting, S.; Kühn, L.; Wicke, K.: Tree balance indices: a comprehensive survey. arXiv, 2109.12281 (2021)

Brandt, C.; Spott, R.; Hölzer, M.; Kühnert, D.; Fuchs, S.; Lohde, M.; Marquet, M.; Viehweger, A.; Rimek, D.; Pletz, M. W.: Molecular epidemiology of SARS-CoV-2: a regional to global perspective. medRxiv, 2021.01.25.21250447 (2021)