Publications of Johannes Krause

Immel, A.; Key, F. M.; Szolek, A.; Barquera, R.; Robinson, M. K.; Harrison, G. F.; Palmer, W. H.; Spyrou, M. A.; Susat, J.; Krause-Kyora, B. et al.; Bos, K. I.; Forrest, S.; Hernández-Zaragoza, D. I.; Sauter, J.; Solloch, U.; Schmidt, A. H.; Schuenemann, V. J.; Reiter, E.; Kairies, M. S.; Weiß, R.; Arnold, S.; Wahl, J.; Hollenbach, J. A.; Kohlbacher, O.; Herbig, A.; Norman, P. J.; Krause, J.: Analysis of genomic DNA from medieval plague victims suggests long-term effect of Yersinia pestis on human immunity genes. Molecular Biology and Evolution 38 (10), msab147, pp. 4059 - 4076 (2021)

Kocher, A.; Papac, L.; Barquera Lozano, R. J.; Key, F. M.; Spyrou, M. A.; Hübler, R.; Rohrlach, A. B.; Aron, F.; Stahl, R.; Wissgott, A. et al.; van Bömmel, F.; Pfefferkorn, M.; Mittnik, A.; Villalba-Mouco, V.; Neumann, G.; Rivollat, M.; Loosdrecht, M. S. v. d.; Majander, K.; Tukhbatova, R. I.; Musralina, L.; Ghalichi, A.; Penske, S. E.; Sabin, S.; Michel, M.; Gretzinger, J.; Nelson, E. A.; Ferraz da Silva, T.; Nägele, K.; Parker, C. E.; Keller, M.; Guevara, E.; Feldman, M.; Eisenmann, S.; Skourtanioti, E.; Giffin, K.; Gnecchi Ruscone, G. A.; Friederich, S.; Schimmenti, V.; Khartanovich, V.; Karapetian, M. K.; Chaplygin, M. S.; Kufterin, V. V.; Khokhlov, A. A.; Chizhevsky, A. A.; Stashenkov, D. A.; Kochkina, A. F.; Tejedor-Rodríguez, C.; de Lagrán, Í. G.-M.; Arcusa-Magallón, H.; Garrido-Pena, R.; Royo-Guillén, J. I.; Novácek, J.; Rottier, S.; Kacki, S.; Saintot, S.; Kaverzneva, E.; Belinskiy, A. B.; Velemínský, P.; Limburský, P.; Kostka, M.; Loe, L.; Popescu, E.; Clarke, R.; Lyons, A.; Mortimer, R.; Sajantila, A.; de Armas, Y. C.; Godoy, S. T. H.; Hernández-Zaragoza, D. I.; Pearson, J.; Binder, D.; Lefranc, P.; Kantorovich, A. R.; Maslov, V. E.; Lai, L.; Zoledziewska, M.; Beckett, J. F.; Langová, M.; Danielisová, A.; Ingman, T.; Atiénzar, G. G.; de Ibáñez, M. P. M.; Romero, A.; Sperduti, A.; Beckett, S.; Salter, S. J.; Zilivinskaya, E. D.; Vasilev, D. V.; von Heyking, K.; Burger, R. L.; Salazar, L. C.; Amkreutz, L.; Navruzbekov, M.; Rosenstock, E.; Alonso-Fernández, C.; Slavchev, V.; Kalmykov, A. A.; Atabiev, B. C.; Batieva, E.; Calmet, M. A.; Llamas, B.; Schultz, M.; Krauß, R.; Jiménez-Echevarría, J.; Francken, M.; Shnaider, S.; de Knijff, P.; Altena, E.; de Vijver, K. V.; Fehren-Schmitz, L.; Tung, T. A.; Lösch, S.; Dobrovolskaya, M.; Makarov, N.; Read, C.; Twest, M. V.; Sagona, C.; Ramsl, P. C.; Akar, M.; Yener, K. A.; Ballestero, E. C.; Cucca, F.; Mazzarello, V.; Utrilla, P.; Rademaker, K.; Fernández-Domínguez, E.; Baird, D.; Semal, P.; Márquez-Morfín, L.; Roksandic, M.; Steiner, H.; Salazar-García, D. C.; Shishlina, N.; Erdal, Y. S.; Hallgren, F.; Boyadzhiev, Y.; Boyadzhiev, K.; Küßner, M.; Sayer, D.; Onkamo, P.; Skeates, R.; Rojo-Guerra, M.; Buzhilova, A.; Khussainova, E.; Djansugurova, L. B.; Beisenov, A. Z.; Samashev, Z.; Massy, K.; Mannino, M.; Moiseyev, V.; Mannermaa, K.; Balanovsky, O.; Deguilloux, M.-F.; Reinhold, S.; Hansen, S.; Kitov, E. P.; Dobeš, M.; Ernée, M.; Meller, H.; Alt, K. W.; Prüfer, K.; Warinner, C. G.; Schiffels, S.; Stockhammer, P. W.; Bos, K. I.; Posth, C.; Herbig, A.; Haak, W.; Krause, J.; Kühnert, D.: Ten millennia of hepatitis B virus evolution. Science 374 (6564), abi5658, pp. 182 - 188 (2021)

Posth, C.; Zaro, V.; Spyrou, M. A.; Vai, S.; Gnecchi Ruscone, G. A.; Modi, A.; Peltzer, A.; Mötsch, A.; Nägele, K.; Vågene, Å. J. et al.; Nelson, E. A.; Radzeviciute, R.; Freund, C.; Bondioli, L. M.; Cappuccini, L.; Frenzel, H.; Pacciani, E.; Boschin, F.; Capecchi, G.; Martini, I.; Moroni, A.; Ricci, S.; Sperduti, A.; Turchetti, M. A.; Riga, A.; Zavattaro, M.; Zifferero, A.; Heyne, H. O.; Fernández-Domínguez, E.; Kroonen, G. J.; McCormick, M.; Haak, W.; Lari, M.; Barbujani, G.; Bondioli, L.; Bos, K. I.; Caramelli, D.; Krause, J.: The origin and legacy of the Etruscans through a 2000-year archeogenomic time transect. Science Advances 7 (39), eabi7673, pp. 1 - 13 (2021)

Wu, X.; Ning, C.; Key, F. M.; Andrades Valtueña, A.; Lankapalli, A. K.; Gao, S.; Yang, X.; Zhang, F.; Liu, L.; Nie, Z. et al.; Ma, J.; Krause, J.; Herbig, A.; Cui, Y.: A 3,000-year-old, basal S. enterica lineage from Bronze Age Xinjiang suggests spread along the Proto-Silk Road. PLoS Pathogens 17 (9), 1009886, pp. 1 - 19 (2021)

Wang, C.-C.; Posth, C.; Furtwängler, A.; Sümegi, K.; Bánfai, Z.; Kásler, M.; Krause, J.; Melegh, B.: Genome-wide autosomal, mtDNA, and Y chromosome analysis of King Bela III of the Hungarian Arpad dynasty. Scientific Reports 11 (1), 19210 (2021)

Carlhoff, S.; Duli, A.; Nägele, K.; Nur, M.; Skov, L.; Sumantri, I.; Oktaviana, A. A.; Hakim, B.; Burhan, B.; Syahdar, F. A. et al.; McGahan, D. P.; Bulbeck, D.; Perston, Y. L.; Newman, K.; Saiful, A. M.; Ririmasse, M.; Chia, S.; Hasanuddin; Pulubuhu, D. A. T.; Suryatman; Supriadi; Jeong, C.; Peter, B.; Prüfer, K.; Powell, A.; Krause, J.; Posth, C.; Brumm, A.: Genome of a middle Holocene hunter-gatherer from Wallacea. Nature 596 (7873), pp. 543 - 547 (2021)

Papac, L.; Ernée, M.; Dobeš, M.; Langová, M.; Rohrlach, A. B.; Aron, F.; Neumann, G.; Spyrou, M. A.; Rohland, N.; Velemínský, P. et al.; Kuna, M.; Brzobohatá, H.; Culleton, B.; Daněček, D.; Danielisová, A.; Dobisíková, M.; Hložek, J.; Kennett, D. J.; Klementová, J.; Kostka, M.; Krištuf, P.; Kuchařík, M.; Hlavová, J. K.; Limburský, P.; Malyková, D.; Mattiello, L.; Petriščáková, M. P.; Průchová, E.; Stránská, P.; Smejtek, L.; Šumberová, J. Š.; Švejcar, O.; Trefný, M.; Vávra, M.; Kolář, J.; Volker , H.; Krause, J.; Pinhasi, R.; Reich, D.; Schiffels, S.; Haak, W.: Dynamic changes in genomic and social structures in third millennium BCE central Europe. Science Advances 7 (35), 6941 (2021)

Rohrlach, A. B.; Papac, L.; Childebayeva, A.; Rivollat, M.; Villalba-Mouco, V.; Neumann, G. U.; Penske, S. E.; Skourtanioti, E.; Loosdrecht, M. S. v. d.; Akar, M. et al.; Boyadzhiev, K.; Boyadzhiev, Y.; Deguilloux, M.-F.; Dobeš, M.; Erdal, Y. S.; Ernée, M.; Frangipane, M.; Furmanek, M.; Friederich, S.; Ghesquière, E.; Hałuszko, A.; Hansen, S.; Küßner, M.; Mannino, M.; Özbal, R.; Reinhold, S.; Rottier, S.; Salazar-García, D. C.; Soler Diaz, J.; Stockhammer, P. W.; Togores Muñoz, C. R. d.; Yener, A. K.; Posth, C.; Krause, J.; Herbig, A.; Haak, W.: Using Y-chromosome capture enrichment to resolve haplogroup H2 shows new evidence for a two-Path Neolithic expansion to Western Europe. Scientific Reports 11, 15005 (2021)

Ingman, T.; Eisenmann, S.; Skourtanioti, E.; Akar, M.; Ilgner, J.; Gnecchi Ruscone, G. A.; le Roux, P.; Shafiq, R.; Neumann, G. U.; Keller, M. et al.; Freund, C.; Marzo, S.; Lucas, M.; Krause, J.; Roberts, P.; Yener, K. A.; Stockhammer, P. W.: Human mobility at Tell Atchana (Alalakh), Hatay, Turkey during the 2nd millennium BC: integration of isotopic and genomic evidence. PLoS One 16 (6), 0241883, p. e0241883 (2021)

Fellows Yates, J. A.; Velsko, I. M.; Aron, F.; Posth, C.; Hofman, C. A.; Austin, R. M.; Parker, C. E.; Mann, A. E.; Nägele, K.; Arthur, K. W. et al.; Arthur, J. W.; Bauer, C. C.; Crevecoeur, I.; Cupillard, C.; Curtis, M. C.; Dalén, L.; Díaz-Zorita Bonilla, M.; Fernández-Lomana, D.; Carlos, J.; Drucker, D. G.; Escribano Escrivá, E.; Francken, M.; Gibbon, V. E.; Morales, G.; R., M.; Grande Mateu, A.; Harvati, K.; Henry, A. G.; Humphrey, L.; Menéndez, M.; Mihailović, D.; Peresani, M.; Rodríguez Moroder, S.; Roksandic, M.; Rougier, H.; Sázelová, S.; Stock, J. T.; Straus, L. G.; Svoboda, J.; Teßmann, B.; Walker, M. J.; Power, R. C.; Lewis, C. M.; Sankaranarayanan, K.; Guschanski, K.; Wrangham, R. W.; Dewhirst, F. E.; Salazar-García, D. C.; Krause, J.; Herbig, A.; Warinner, C.: The evolution and changing ecology of the African hominid oral microbiome. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 118 (20), e2021655118, pp. 1 - 11 (2021)

Pohl, W.; Krause, J.; Vida, T.; Geary, P.: Integrating genetic, archaeological, and historical perspectives on Eastern Central Europe, 400–900 AD: Brief description of the ERC Synergy Grant – HistoGenes 8564531. Historical Studies on Central Europe 1 (1), 1.09, pp. 213 - 228 (2021)

Prüfer, K.; Posth, C.; Yu, H.; Stoessel, A.; Spyrou, M. A.; Deviese, T.; Mattonai, M.; Ribechini, E.; Higham, T.; Velemínský, P. et al.; Brůžek, J.; Krause, J.: A genome sequence from a modern human skull over 45,000 years old from Zlatý kůň in Czechia. Nature Ecology & Evolution, s41559-021-01443-x (2021)

Gnecchi-Ruscone, G. A.; Khussainova, E.; Kahbatkyzy, N.; Musralina, L.; Spyrou, M. A.; Bianco, R. A.; Radzeviciute, R.; Martins, N. F. G.; Freund, C.; Iksan, O. et al.; Garshin, A.; Zhaniyazov, Z.; Bekmanov, B.; Kitov, E.; Samashev, Z.; Beisenov, A.; Berezina, N.; Berezin, Y.; Bíró, A. Z.; Évinger, S.; Bissembaev, A.; Akhatov, G.; Mamedov, A.; Onggaruly, A.; Voyakin, D.; Chotbayev, A.; Kariyev, Y.; Buzhilova, A.; Djansugurova, L.; Jeong, C.; Krause, J.: Ancient genomic time transect from the Central Asian Steppe unravels the history of the Scythians. Science Advances 7 (13), eabe4414 (2021)

Wang, C.-C.; Yeh, H.-Y.; Popov, A. N.; Zhang, H.-Q.; Matsumura, H.; Sirak, K.; Cheronet, O.; Kovalev, A.; Rohland, N.; Kim, A. M. et al.; Mallick, S.; Bernardos, R.; Tumen, D.; Zhao, J.; Liu, Y.-C.; Liu, J.-Y.; Mah, M.; Wang, K.; Zhang, Z.; Adamski, N.; Broomandkhoshbacht, N.; Callan, K.; Candilio, F.; Carlson, K. S. D.; Culleton, B. J.; Eccles, L.; Freilich, S.; Keating, D.; Lawson, A. M.; Mandl, K.; Michel, M.; Oppenheimer, J.; Özdoğan, K. T.; Stewardson, K.; Wen, S.; Yan, S.; Zalzala, F.; Chuang, R.; Huang, C.-J.; Looh, H.; Shiung, C.-C.; Nikitin, Y. G.; Tabarev, A. V.; Tishkin, A. A.; Lin, S.; Sun, Z.-Y.; Wu, X.-M.; Yang, T.-L.; Hu, X.; Chen, L.; Du, H.; Bayarsaikhan, J.; Mijiddorj, E.; Erdenebaatar, D.; Iderkhangai, T.-O.; Myagmar, E.; Kanzawa-Kiriyama, H.; Nishino, M.; Shinoda, K.-i.; Shubina, O. A.; Guo, J.; Cai, W.; Deng, Q.; Kang, L.; Li, D.; Li, D.; Lin, R.; Shrestha, N. R.; Wang, L.-X.; Wei, L.; Xie, G.; Yao, H.; Zhang, M.; He, G.; Yang, X.; Hu, R.; Robbeets, M.; Schiffels, S.; Kennett, D. J.; Jin, L.; Li, H.; Krause, J.; Pinhasi, R.; Reich, D.: Genomic insights into the formation of human populations in East Asia. Nature 591 (7850), s41586-021-03336-2, pp. 413 - 419 (2021)

Orlando, L.; Allaby, R.; Skoglund, P.; Sarkissian, C. D.; Stockhammer, P. W.; Ávila-Arcos, M. C.; Fu, Q.; Krause, J.; Willerslev, E.; Stone, A. C. et al.; Warinner, C. G.: Ancient DNA analysis. Nature reviews: Methods primers 1 (14), s43586-020-00011-0 (2021)

Immel, A.; Pierini, F.; Rinne, C.; Meadows, J.; Barquera, R.; Szolek, A.; Susat, J.; Böhme, L.; Dose, J.; Bonczarowska, J. et al.; Drummer, C.; Fuchs, K.; Ellinghaus, D.; Kässens, J. C.; Furholt, M.; Kohlbacher, O.; Schade-Lindig, S.; Franke, A.; Schreiber, S.; Krause, J.; Müller, J.; Lenz, T. L.; Nebel, A.; Krause-Kyora, B.: Genome-wide study of a Neolithic Wartberg grave community reveals distinct HLA variation and hunter-gatherer ancestry. Communications Biology 4 (1), 113 (2021)

Furtwängler, A.; Neukamm, J.; Böhme, L.; Reiter, E.; Vollstedt, M.; Arora, N.; Singh, P.; Cole, S. T.; Knauf, S.; Calvignac-Spencer, S. et al.; Krause-Kyora, B.; Krause, J.; Schuenemann, V. J.; Herbig, A.: Comparison of target enrichment strategies for ancient pathogen DNA. Biotechniques 69 (6), pp. 455 - 459 (2020)

McDonald, S. K.; Matisoo-Smith, E. A.; Buckley, H. R.; Walter, R. K.; Aung, H. L.; Collins, C. J.; Cook, G. M.; Kardailsky, O.; Krause, J.; Knapp, M.: 'TB or not TB': the conundrum of pre-European contact tuberculosis in the Pacific. Philosophical Transactions of the Royal Society of London, Series B: Biological Sciences 375 (1812), 20190583 (2020)

Jeong, C.; Wang, K.; Wilkin, S.; Taylor, W. T. T.; Miller, B. K.; Bemmann, J. H.; Stahl, R.; Chiovelli, C.; Knolle, F.; Ulziibayar, S. et al.; Khatanbaatar, D.; Erdenebaatar, D.; Erdenebat, U.; Ochir, A.; Ankhsanaa, G.; Vanchigdash, C.; Ochir, B.; Munkhbayar, C.; Tumen, D.; Kovalev, A.; Kradin, N.; Bazarov, B. A.; Miyagashev, D. A.; Konovalov, P. B.; Zhambaltarova, E.; Ventresca Miller, A. R.; Haak, W.; Schiffels, S.; Krause, J.; Boivin, N. L.; Erdene, M.; Hendy, J.; Warinner, C. G.: A dynamic 6,000-year genetic history of Eurasia’s eastern steppe. Cell 183 (4), pp. 890 - 904.e29 (2020)

Parker, E. C.; Rohrlach, A. B.; Friederich, S.; Nagel, S.; Meyer, M.; Krause, J.; Bos, K. I.; Haak, W.: A systematic investigation of human DNA preservation in medieval skeletons. Scientific Reports 10 (1), 18225 (2020)